Przetwórstwo produktów
Przetwórstwo oraz dalsze etapy postępowania z eko-produktami, mają na celu zachowanie, w jak największym stopniu, pierwotnej jakości ekologicznych płodów rolnych.
Dopuszczalne są tradycyjne metody mechaniczne, fizyczne, fermentacyjne oraz ograniczona liczba sprawdzonych od lat substancji dodatkowych.
W przetwórstwie nie mogą być stosowane syntetyczne dodatki i substancje wspomagające, jak barwniki, emulgatory, stabilizatory, konserwanty, przeciwutleniacze, substancje powlekające i in. Mikroorganizmy zmienione w drodze inżynierii genetycznej (GMO) ani ich produkty, nie mogą być wykorzystywane w przetwórstwie eko-rolniczym. Napromienianie żywności jest zabronione.
Przechowywanie musi gwarantować odpowiednie warunki magazynowania towaru. Pomieszczenia składowe nie mogą być traktowane pestycydami; wykluczone są toksyczne materiały budowlane, farby, etc.
Transport produktów ekologicznych musi być odpowiedni do ich rodzaju, przy czym produkty muszą być transportowane w zamkniętych i prawidłowo oznakowanych opakowaniach.
Transport produktów luzem może odbywać się między podmiotami objętymi systemem kontroli, wyłącznie pod warunkiem, że każdy z nich prowadzi ewidencję działań transportowych.
Wieloskładnikowe produkty przetworzone muszą zawierać co najmniej 95% składników eko-rolniczych, by dany środek spożywczy mógł być oznakowany jako produkt rolnictwa ekologicznego. Jako składniki konwencjonalne (do 5%) mogą być stosowane wyłącznie produkty wymienione w urzędowym wykazie, ustalanym na szczeblu Komisji Europejskiej (załącznik IX do rozporządzenia 889/2008). Jeśli udział składników certyfikowanych wynosi mniej niż 95%, możliwe jest tylko wymienienie ich w składzie surowcowym, z podaniem ich łącznej procentowej zwartości w masie składników pochodzenia rolniczego.
Dozwolone substancje dodatkowe są wymienione w załączniku VIII rozporządzenia Komisji 889/2008; jest to lista pozytywna: substancje nie zamieszczone w wykazie – nie mają zastosowania w ekologicznej produkcji żywności.